肛肠科始建于上世纪50年代，2012年成为南京市中医院全国中医肛肠病治疗中心姜堰技术协作中心。现有主任中医师2名，副主任中医师1名，住院中医师2名。科室拥有日本电子结肠镜、电子肛门内窥镜及HCPT肛肠综合治疗仪、微波治疗仪等设备。应用中药坐浴、结扎、挂线、注射等中西医结合方法治疗内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛瘘、肛门直肠周围脓肿、肛窦炎、便秘、溃疡性结肠炎、肛门湿疹等，效果良好。